На острове Папеэте его появление также не вызвало восторга. Островитяне ещё хорошо помнили, как их двадцать минут обстреливали броненосные крейсера «Шарнхорст» и «Гнейзенау». В 1939 году он вернулся в Германию. Графу предложили командование десятью рейдерами, подобными тем, какие были в Первую мировую войну, но он сумел уклониться от этого предложения, и всю войну был в отставке. Они жили с женой в доме матери, в городе Хале. Ему запретили выступать с лекциями. Была запрещена и публикация его книг.
Некоторые исследователи пишут, что в 1943 году Люкнер спас молодую еврейскую женщину от отправки в концлагерь. Якобы он шёл по берлинской улице и увидел груду обожженных паспортов, лежавших между камнями обрушившегося дома. Зачем-то подобрал уцелевший паспорт молодой женщины по имени Фриде Шифе. Вскоре после этого к нему бросилась молодая еврейка с просьбой о спасении. Он дал ей паспорт, по которому та впоследствии попала в нейтральную страну, а оттуда в Америку. Когда он приехал с лекциями после войны в США, они встретились.
Существуют письма Розалии Янсен к Феликсу фон Люкнеру, в которых она сообщает об этом. Письма датированы 1951 годом. Во время телевизионного шоу на ЭнБиСи «Это твоя жизнь» они встретились, и женщина бросилась ему на шею, называя спасителем. Однако когда графа хотели посмертно причислить к Праведникам народов мира, сочли, что доказательств недостаточно. Тем не менее, его назвали «проверенным другом Израиля», и в его память растёт дерево в роще из деревьев, посаженных в честь людей, которые помогали выжить евреям в годы фашизма.
Жители города Хале, где он жил, знают, что только благодаря нему город не был сметён с лица земли. 16 апреля 1945 года Люкнер перешёл линию фронта и обратился к американскому военному командованию с просьбой пощадить город, пообещав, что они не встретят сопротивления. Об этом у него была договорённость с бургомистром. Американцы с уважением отнеслись к его просьбе.
Граф вернулся в город уже с американцами, так как нацисты приговорили его к смерти. Когда город отошёл к советской зоне оккупации, граф уехал сначала в Западную Германию, а затем в Швецию, и жил в имении жены в Мальмё. В их шале было пятьдесят шесть комнат, и граф шутил, что самое страшное для него, забыть, где он оставил свою трубку.
В 1953 году Феликсу фон Люкнеру за заслуги перед Федеративной Республикой Германия президент Теодор Хейс вручил орден Федеральный Крест за Заслуги.
В 1956 году графа выдвинули на Нобелевскую премию мира, но по ряду причин это предложение не прошло.
13 апреля 1966 года он скончался в госпитале Мальмё. Его с большими почестями похоронили 28 апреля 1966 года на главном кладбище Ольсдорф в Гамбурге.
Незадолго до своей смерти граф Феликс фон Люкнер якобы сказал историку Ральфу Ласа, что после крушения «Морского орла» он зарыл все ценности с затопленных судов на острове. По словам Люкнера там было золотых монет и золотых изделий около ста килограммов. Место, где он зарыл, граф сказал, что забыл. Феликс фон Люкнер был большим весельчаком, и явно, что он пошутил, но остров теперь занял почётное место в списке островов сокровищ для любителей их отыскивать.
С 1973 по 1975 год для германского телевидения была снята приключенческая картина «Граф Люкнер». Во Франции её показывали под названием «Приключения капитана Люкнера».
29 марта 2004 года в городе Хале основали «Общество Феликса графа фон Люкнера», цель которого - увековечение жизни и деятельности замечательного моряка, особенно его роли в спасении города Хале в апреле 1945 года.
А в памяти многих людей в разных странах мира, интересующихся морской историей, среди известных мореплавателей граф навсегда останется неунывающим, весёлым и бесстрашным моряком, силачом, который, не вынимая сигары изо рта, мог разорвать телефонную книгу, согнуть пальцами монету.
Он был командиром военного корабля, но не убил, ни одного человека во время войны, сберёг город, в котором жил, от разрушения, и, наконец, спас несчастного корабельного кота, о котором никто не вспомнил, когда команда покидала обречённое судно.
Конец